En ese momento la directiva decidió apostar por tener un primer equipo fuerte y de referencia con aspiraciones de subir a Tercera. De hecho, en 2007 la junta directiva fue disuelta. Aquella temporada empezó bien para el equipo donostiarra que se impuso claramente en el grupo vasco de segunda división, pero en la definitiva liguilla de ascenso no pudo conseguir su objetivo de recuperar la máxima categoría. Además el equipo cambió de entrenador en varias ocasiones, se marchó Paco Pliego y llegó Andrés García Tébar.
