En 1975, obtiene el Subcampeonato en la Liguilla Pre-Libertadores de América, hecho que repetiría en la edición de 1977, agregándole en esta oportunidad, la clasificación – por primera vez- a la Copa Libertadores de América. En el año 2013, Danubio disputaría el torneo Apertura, coronándose campeón del mismo luego de arrebatarle el primer puesto a Nacional que hasta la última fecha iba primero.
