De nuevo, tras una segunda vuelta espectacular, con once victorias, finalizaron en séptima posición lo que les dio acceso a la fase previa de la Liga Europa de la UEFA 2017-18. El 24 de mayo el Kuko Ziganda se convirtió en nuevo entrenador del conjunto bilbaíno, tras la marcha de Ernesto Valverde al FC Barcelona. En la Europa League se solventaron correctamente las eliminatorias previas, pero en la fase de grupos el Athletic sufrió en exceso para clasificarse en un grupo especialmente asequible.