Hubo que esperar hasta 1998-99 para ver de nuevo coronado a un club inglés tras los sucesos acontecidos en Heysel. Fue el preludio de lo que parecía el fin de la competición, tras el acuerdo de una Superliga. En la Copa de la UEFA 2007-08 el Partizán fue expulsado y sancionado con una multa de 30.056 € tras los graves incidentes contra los seguidores rivales durante el derbi balcánico ante el HŠK Zrinjski Mostar, después de ganarles por un marcador global de 11-1. Las temporadas 2007-08 y 2008-09 se mantendrán como unas de los más exitosas en la historia del fútbol doméstico para el club.
